赣超第二阶段采用淘汰赛制，具体规则如下:

1.分组与落位：北区和南区的前两名球队自动落位，分别进入A、B、C、D组（如北区第一名在A组，南区第一名在C组等）。北区和南区的第三、四名球队通过抽签决定对手，与已落位的四支球队进行交叉对决。

2.比赛方式：采用主客场两回合制，两队分别在主场和客场各进行一场比赛。若两回合总进球数相同，不比较客场进球，直接通过点球大战决出胜负。

3.避免提前碰面：北区和南区的前两名球队在八强赛中不会提前相遇，确保强队在后续阶段的竞争力。